Сначало небольшая инфа.
Ставил джесику разных сборок (#930, #970 и др.) на RPi 2 и 3, и WebIOPi, патчил для работы с 40 выв. GPIO.
Проблем с портами никогда не было никаких!
Сейчас в процессе экспериментов установил на RPi 3 сборку #1014 4.9.35 от 30.06.2017, как у Вас. Эта версия NOOBS 2.4.2 дата релиза 2017-07-05 самая последняя на сегодня.
После установки и запуска WebIOPi
sudo webiopi -d -c /etc/webiopi/config
выдается "webiopi error name gpio is not defined"
Раньше помогал патч webiopi-pi2bplus.patch
В Интернете нашел две причины: несоответствие версий: Python 2.7  в WebIOPi и Python 3.3 в Raspbian. Но это вряд ли. Т.е. несоответствие есть, но дело не в этом.
Еще было предложение поковыряться с базовыми регистрами процессора и их адресами. Т.е. поменять регистры и адреса в файлах cpuinfo.c и gpio.c в папке /home/pi/WebIOPi-0.7.1/python/native и переустановить WebIOPi.
Так-же не помогло. Тем более с этим вообще какая-то лажа! На одном и том-же железе (!!) в разных сборках jessie
cat /proc/cpuinfo показывает (это третья строка снизу):
Hardware: BCM2708
Hardware: BCM2709
Hardware: BCM2835

Короче помогли танцы с бубнами, - повторная установка WebIOPi-0.7.1
1. Удалил папку /home/pi/WebIOPi-0.7.1
Так как WebIOPi-0.7.1 запускается как сервис, деинсталировать ничего не нужно.
2. Установил и пропатчил WebIOPi. Именно в такой последовательности:
wget http://sourceforge.net/projects/webiopi/files/WebIOPi-0.7.1.tar.gz
tar xvzf WebIOPi-0.7.1.tar.gz
cd WebIOPi-0.7.1
wget https://raw.githubusercontent.com/doubleb....s.patch
patch -p1 -i webiopi-pi2bplus.patch
sudo ./setup.sh
Тут вроде все без изменений.

А здесь теперь по-другому:
3. Установка запуска WebIOPi как сервиса при загрузке системы:
cd /etc/systemd/system/
sudo wget https://raw.githubusercontent.com/doubleb....service
sudo systemctl start webiopi
sudo systemctl enable webiopi

После этого порты заработали!

Отпишитесь, если Вам поможет.